A.ご回答内容

この場合，まず河川水路課へ「水路境界明示」の申請をしていただき，申請地及び隣接地の所有者と高知市で現地立会を行います。その後河川水路課へ「隣接境界線証明書の交付」の申請により証明書を交付します。
また，それぞれの申請には手数料（水路境界明示：１筆につき800円分の高知市収入証紙，隣接境界線証明書：400円分の高知市収入証紙）が必要です。
なお，"法定外公共物":http://www.city.kochi.kochi.jp/soshiki/8/houtegai.html （水路）は高知市管財課，"準用河川":http://www.city.kochi.kochi.jp/soshiki/49/kasen-shurui.html は高知県高知土木事務所へ申請してください。